Каждый комиссар, как и министр национального правительства, отвечает за определенное направление работы. Каждого кандидата в Еврокомиссию рекомендует правительство его страны, затем он проходит собеседование с председателем Еврокомиссии и утверждается Европарламентом. Кроме того, в структуру Еврокомиссии входят генеральные директораты - это аналоги правительственным министерствам. Генеральные директораты являются профильными и отвечают за реализацию политики в различных сферах компетенции ЕС.

Задача Еврокомиссии - координация работы органов исполнительной власти всех стран ЕС. Европейская комиссия вырабатывает рекомендации для деятельности Европарламента, вносит законодательные инициативы, с целью приведения в соответствие с общеевропейскими стандартами национального законодательства стран-членов ЕС. Наблюдение за соблюдением всеми 27 странами единых европейских стандартов, а также прав и свобод человека, проведение систематических консультаций со всеми национальными правительствами для выработки единой экономической (промышленной, сельскохозяйственной, налогово-бюджетной, социальной, таможенной, валютной, денежно-кредитной и т. д.), военной, внешней, культурной политики.

Европейская комиссия в первую очередь контактирует с министрами по делам ЕС в каждом из правительств 27 стран-членов. Повседневное администрирование ЕС осуществляется в рамках комитологии (от comitology). Комитология - это система многочисленных комитетов, созданных Советом министров при Европейской комиссии, в которых отслеживается исполнение принятых законодательных решений ЕС. Все решения Еврокомиссии носят исключительно рекомендательный характер, все спорные вопросы улаживаются на уровне национальных правительств.

Здание в центре Брюсселя, спроектированное специально для Еврокомиссии в 1960 году как символ Европейского сообщества и строившееся семь лет на земле, выкупленной у монахинь ордена Св. Августина, владевших женским монастырем Берлемон. Автор проекта - архитектор Де Весте. Ему помогали известные зодчие-мэтры, чьи имена увековечены в названиях площадей и улиц Брюсселя: Жан Жильсон, Жан и Андре Полаки. Им принадлежит идея здания, представляющего в плане неправильный крест. Это один из самых дерзких и оригинальных проектов своего времени. В строительстве в широких масштабах использовались асбестосодержащие материалы. Когда учёные узнали о канцерогенных свойствах асбеста, Еврокомиссия в 1991 году покинула «Берлемон», а здание в течение 14 лет было очищено от асбеста и реконструировано. Обратный переезд состоялся к октябрю 2004 года.

Общая площадь помещений обновлённой 14-этажной штаб-квартиры Еврокомиссии - более 240 тыс. м². Она занимает территорию в 3 га. Здесь разместятся свыше 2000 чиновников без учёта обслуживающего персонала.